نشأت مؤسسات التعليم العالي في ظل الاحتلال الإسرائيلي وبمبادرات محلية وطنية، ونمت وتطورت بسرعة حتى وصل عدد الجامعات على الأرض الفلسطينية 49 مؤسسة عام 2019م، موزعة حسب ادارتها على النحو الآتي: 11 حكومية، و17 عامة، و17 خاصة، و4 الأونروا. وحسب بيانات وزارة التعليم العالي والبحث العلمي في فلسطين: "يلتحق أكثر من 221000 طالب وطالبة في هذه المؤسسات، وتشير التقديرات إلى أن معدل الالتحاق الإجمالي للفئة العمرية من الشباب الذين تتراوح أعمارهم 18-24 سنة أكثر من 25.8? وتعتبر هذه النسبة مرتفعة نسبياً وفقاً للمعايير الدولية، لا سيما بالمقارنة مع بلدان الشرق الأوسط والبلدان النامية بشكل عام".

ما يميز مؤسسات التعليم الفسطيني عن غيرها في الدول المجاورة هو وجود مفهوم "الجامعة العامة" الذي هو ليس حكوميًا وليس خاصًا؛ فهي لا تهدف إلى الربح، وفي الوقت نفسه تتمتع باستقلالية في الإدارة والتعيين والتوظيف وتتحمل مسؤولية الرواتب والمصاريف التشغيلية الأخرى. وهذه الميزة انفردت بها معظم الجامعات الفلسطينية بحكم نشأتها في ظل الاحتلال الإسرائيلي وغياب وجود سلطة وطنية فلسطينية.

ولتخفيف حدة المنافسة بين هذه الجامعات في مجالات استقطاب أعضاء هيئة التدريس وأسس التعيين وما شابه ذلك من أمور؛ تمت في بداية التسعينيات بلورة ما يمسى "كادر موحد" من قبل مجلس التعليم العالي المسؤول في حينه عن الإشراف على قطاع التعليم العالي؛ حيث جرى توحيد سلم الرواتب والعلاوات والإجازات وتعويض نهاية الخدمة والتوفير.

وبعد تسلم السلطة الوطنية الفلسطينية في أوائل التسعينات؛ أُنشئت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي عام 1996 لتشرف وتدعم وتُوجه نمو التعليم العالي الفلسطيني من خلال مجالسها وهيئاتها وإدارتها ووحداتها المختلفة، وصدر قانون التعليم العالي رقم (11) عام 1998، الذي حدد أهداف التعليم العالي ودور الوزارة وصلاحياتها ومستويات التعليم العالي وشهاداته الممنوحة وأنماط التعليم وأنواع مؤسساته.

وفي عام 2002، دمجت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي مع وزارة التربية والتعليم، في وزارة واحدة.  وبعد عام أُعيد تفعيل مجلس التعليم العالي لرسم السياسات العامة، وكذلك تم تفعيل مجلس البحث العلمي لرسم السياسات البحثية ضمن إطار مؤسسات التعليم العالي، وتم إنشاء هيئة الاعتماد والجودة لترخيص وتقييم واعتماد مؤسسات وبرامج أكاديمية جديدة وقديمة، إضافة إلى إنشاء "صندوق إقراض الطالب" لمساعدة الطلبة في تغطية نفقات تعليمهم.

وفي عام 2012، أُعيد فصل وزارة التعليم العالي عن وزارة التربية والتعليم، واستمرت بتنفيذ كافة أعمالها وتطوير برامجها ووسائل إشرافها وفق خطتها المتوسطة المدى 2011-2013، من خلال مجالسها وهيئاتها وإداراتها العامة وفريق الوزارة الفني والإداري؛ لمواجهة التحديات العديدة وتذليلها، وتحقيق رسالتها، وتقديم أفضل الخدمات ذات الصلة للمجتمع الفلسطيني.

وفي عام 2013، أعيد دمج وزارة التربية وتعليم العالي مع وزارة التربية والتعليم، واستمرت بتنفيذ كافة أعمالها وتطوير برامجها ووسائل إشرافها وفق خطتها من 2013-2019 من خلال مجالسها وهيئاتها وإداراتها العامة وفريق الوزارة الفني والإداري؛ لمواجهة التحديات العديدة وتذليلها، وتحقيق رسالتها، وتقديم أفضل الخدمات ذات الصلة للمجتمع الفلسطيني.

وفي 10 آذار2019 أُعيد فصل وزارة التعليم العالي عن وزارة التربية والتعليم، وسميت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي الفلسطيني رسالتها دعم وتمكين جميع مؤسسات التعليم العالي والبحث العلمي، من أجل القيام بواجباتها، التي تنسجم مع سياسات واستراتيجيات التعليم العالي القائمة على التنافس، لإرساء معايير النزاهة وتعزيز مبادئ المساءلة، والعدالة، والشفافية، بالاضافة إلى تبني التميز والإبداع، خاصة في مجالات البحوث العلمية القائمة على التفكير المبدع، والتحليلي، وحل المشكلات؛ وذلك للتكيف مع متطلبات التقدم والتكنولوجيا في هذا العصر، وضمان التعليم للجميع، وتوفير بيئة متوازنة وسليمة تؤهل الطلبة للدفاع عن الحقوق والثوابت الوطنية.