يقع المخيم في جنوب قطاع غزة، على بعد 2 كم عن ساحل البحر، والى الغرب من مدينة خانيونس التي سمي المخيم باسمها، وهي مدينة تاريخية ومركز تجاري قديم، ونقطة استراحة للقوافل القادمة من بلاد الشام إلى مصر وبالعكس؛ كان فيها خان كبير يدعى "خان يونس"، وظلت المدينة تسمى باسمه حتى يومنا هذا.

أنشيء هذا المخيم عام 1948، بواسطة الصليب الأحمر؛ ثم تسلمته وكالة الغوث الدولية عام 1950.

 بلغت مساحة المخيم عند تأسيسه 549 دونماً؛ لجأ إليه المهجرون من مدن: حيفا، ويافا، واللد، والرملة، والمجدل، وقرى: بيت دجن، وصرفند، وأسدود، وبرقة، وياصور، وعرب صقرير، وعرب أبو سويرح، والمسمية الكبيرة، والمسمية الصغيرة، والبطاني الغربي، والبطاني، وحنين، ويبنا، وغيرها.

كان عدد سكان المخيم عام 1953م، 12.099 لاجئاً مسجلاً؛ ثم ارتفع هذا العدد في عام 1955 إلى 18.291 نسمة؛ وذلك بسبب التنقلات الكثيرة من مخيم إلى آخر بحثاً عن الاستقرار في العمل أو بجانب الأقارب أو أهل البلاد الأصلية.

في عام 1987؛ كان عدد سكان المخيم نحو 35.407 نسمة من اللاجئين المسجلين لدى وكالة الغوث.

أما عدد سكانه حسب وكالة الغوث الدولية فقد بلغ في عام 1997، نحو 21.624 نسمة، وحسب تقديرات جهاز الإحصاء المركزي منتصف العام 2023  نحو 48729 لاجيء.