أنشئ الاتحاد الفلسطيني للسباحة والرياضات المائية عام 1993، من أجل النهوض برياضة السباحة وتطويرها ودعمها، ومحو أمية السباحة ونشرها؛ وتطوير المهارات التدريبية للمدربين والحكام وزيادة عددهم وإرسالهم في دورات تدريبية وتحكيمية من أجل رفع كفاءتهم وتحسين مستواهم .
وللاتحاد دور كبير في تنظيم المسابقات والبطولات الداخلية ورعايتها، والمشاركة في البطولات الخارجية، وتنظيم عمل الأندية والمسابح ذات الصلة، بما يشجع رياضة السباحة. 

وهو عضو في:

 الاتحاد الدولي للسباحة (ألفينا)، والكونفدرالية الدولية للغوص (كماس)، والاتحاد الدولي للإنقاذ (أي أل أس)، والاتحاد الآسيوي والعربي للسباحة.

 وينظم الاتحاد العديد من النشاطات والبطولات السنوية، وأهمها: بطولة فلسطين، كما أن له العديد من المشاركات في المسابقات والبطولات الخارجية والعالمية؛ فقد  مثل فلسطين في أولمبياد سيدني عام 2000. وأولمبياد أثينا، 2000.

 شهد الاتحاد تطوراً كبيرًا بعد عام 2000؛ إذ توطدت علاقاته الداخلية والخارجية، وبدأ اسمه يلمع في كافة المحافل الدولية، وكثف نشاطاته ونظم  فعالياته وبطولاته الداخلية -برعاية برنامج الأمم المتحدة الإنمائي/ برنامج دعم الشعب الفلسطيني- والتي تجسدت بشكل واضح من خلال مهرجان رمضان الأول في عام 2003، والمعسكر الصيفي الأول عام 2004؛ ومن خلال الدورة الدولية لأعداد مدربي السباحة والتي أقامها الاتحاد الدولي للسباحة في مدينة القدس، والتي تمت برعاية التعاون الكندي والأسباني والإيرلندي والبابوية الكاثوليكية. 

وتم إضافة رياضة كرة الماء لفعاليات الاتحاد، برعاية برنامج الأمم المتحدة الإنمائي، من خلال تأمين أهداف لكرة الماء وإرسال مدربين لتأهيلهم في الخارج. 

وكان لبيت مال القدس في المغرب الدور الكبير في مساعدة المنتخب؛ حيث تم تأمين مستلزمات التدريب، وتغطية نفقات سفر منتخب السباحة إلى المغرب للمشاركة في بطولة الدول المطلة على البحر الأبيض المتوسط.

 وتجلت قمة التعاون مع المؤسسات الداعمة حينما قامت القنصلية الأمريكية في القدس، وشركة المشروبات الوطنية (كوكا كولا) بتغطية نفقات منتخبنا الذي شارك في بطولة العالم في أمريكا.

وقد شهد الاتحاد أول انتخابات شاملة عمت كافة محافظات الوطن من رفح جنوبا وحتى جنين شمالا، والتي أفرزت ثلاثة عشر عضوا في الاتحاد، وكفائتين في لجنة الحكام المركزية:

أعضاء الاتحاد المفرزين في محافظات القدس والضفة الغربية: 
إبراهيم الطويل (رئيس الاتحاد)، ناصر التوتنجي (أمين السر)، فواز زلوم (أمين الصندوق)، أمجد كيوان (رئيس لجنة التأهيل والتدريب)، شاهر أبو سرية (رئيس لجنة المنتخبات)، د. جورج نصار (رئيس دائرة العلاقات الدولية والخارجية)، عادل الحج حسن لباط (رئيس لجنة المسابقات)، رائد ميلاد (رئيس اللجنة الاجتماعية والثقافية)، أنور أبو رميلة (رئيس لجنة الحكام المركزية).
أعضاء الاتحاد المفرزين في محافظات قطاع غزة: 
رفيق مراد (نائب رئيس الاتحاد)، سهيل الغرباوي (أمين السر المساعد ورئيس اللجنة الإعلامية)، صقر عابد (أمين الصندوق المساعد)، الهندي عاشور (نائب رئيس لجنة المنتخبات)، محمود عاشور (نائب رئيس لجنة التأهيل والتدريب)، مروان عجوز (نائب رئيس لجنة الحكام المركزية).
وتم تشكيل العديد من اللجان الفرعية والفنية في كافة المحافظات. 
وقام المجلس الأعلى للشباب والرياضة بتسمية أسماء المجلس الفرعي للاتحاد في سوريا وهم:
زياد حديد (رئيس المجلس الفرعي)، وعضوية كل من أيمن الكوري، نضال الحلبي، علي دباغ، بشار صالح. 

وتتشكل الهيئة العامة للاتحاد من الأندية والمراكز التالية:
محافظة القدس: نادي هلال القدس، مركز جبل المكبر، نادي القدس الرياضي، المعهد العربي الرياضي، نادي عناتا الرياضي، نادي العيساوية الرياضي، نادي صور باهر الرياضي.
محافظة بيت لحم: نادي أرثوذكسي بيت جالا، نادي دلاسال بيت لحم، نادي العمل الكاثوليكي، دار الكلمة للصحة المجتمعية، مؤسسة إبداع الدهيشة.
محافظة الخليل: مسبح زلوم.
محافظة أريحا: نادي شباب النويعمة الرياضي، نادي شباب أريحا، نادي شباب الديوك.
محافظة نابلس: أكاديمية الأقصى، نادي المدينة الرياضي.
 محافظة رام الله: نادي تراي فتنس، نادي جفنا الرياضي، سرية رام الله الأولى.
محافظات قطاع غزة: النادي الأهلي، نادي غزة الرياضي، نادي شباب رفح، نادي خدمات رفح، نادي المشتل، نادي الزيتون، نادي الشاطئ، خدمات جباليا، نادي الشجاعية.

أبرز نشاطات الاتحاد:
1- إقامة مهرجان رياضي مائي يتضمن دوري بكرة الماء، وبطولة بسباحة الزعانف في جمعية الشبان المسيحية، بيت ساحور دوري كرة الماء بتاريخ 24/11/2005م و25/11/2005م.

2- بطولة "على العهد باقون" للسباحة في المسافات القصيرة، بالتعاون مع اللجنة الأولمبية الفلسطينية، في جمعية الشبان المسيحية بمدينة القدس، في النصف الأول من شهر كانون ثاني يناير 2005.
3- بطولة شبكة بال سبورت الرياضية لسباحة الزعانف في بداية شهر شباط فبراير2005، في مركز رويال الرياضي. 
4- بطولة فلسطين الشتوية الأولى لسباحة المسافات القصيرة في بداية شهر مارس، في جمعية الشبان المسيحية بمدينة بيت ساحور. 
5- بطولة فلسطين الثانية لسباحة الزعانف، في ابريل، في مسبح الشلال بمدينة أريحا. 
6- بطولة فلسطين الأولى بكرة الماء في مايو 2005، في المحافظات الوسطى.
7- تصفيات بطولة فلسطين التاسعة للسباحة في المحافظات الوسطى، والجنوبية، والشمالية. كل محافظة بطولة منفردة، خلال شهري يونيو ويوليو2005. 
8- بطولة القسام لسباحة المسافات القصيرة، في شهر يوليو، في مدينة جنين.
9- بطولة غزة هاشم للسباحة في المسافات الطويلة، في البحر في شهر يوليو2005، في مدينة غزة. 
10- بطولة الجدار العنصري لسباحة المسافات القصيرة في يوليو2005، في مدينة قلقيلية. 
11- بطولة فلسطين التاسعة للسباحة في أغسطس2005.
12- دوري عام بكرة الماء في سبتمبر2005، في المحافظات الجنوبية. 
13- مهرجان السباحة الرمضاني الثالث (سباحة، كرة ماء، زعانف)، في شهري أكتوبر ونوفمبر2005. 
14- بطولة "على العهد باقون" الثانية للسباحة، بالتعاون مع اللجنة الأولمبية الفلسطينية خلال شهر ديسمبر2005، تخليداً لذكرى الرئيس الراحل ياسر عرفات. 
15- بطولة عيد الميلاد المجيد الأولى في شهر ديسمبر2005، في مدينة بيت لحم/ مهد المسيح عليه السلام. 
16- دورة إعداد مدربي منتخبات السباحة للنخبة من مدربي السباحة في الوطن، لمدة ستة أشهر2005.
 17- الدورة الدولية لإعداد مدربين وحكام لكرة الماء، والتي أقامها الاتحاد الدولي للسباحة في فلسطين، في الفترة الواقعة ما بين 3-7/4/2004م.
18- أربع دورات تأهيلية شاملة (منقذ سباحة، معلم سباحة، حكم سباحة). في كل من المنطقة الوسطى، والشمالية، والجنوبية، وقطاع غزة وذلك خلال شهري مايو، ويونيو 2005.
19- مخيمات صيفية مائية، في كافة محافظات الوطن، هدفها نشر الطريقة الجديدة والدستور التعليمي الجديد للسباحة (طريقة الدلافين)، التي تشمل: دولفين صغير، برونزي، فضي، ذهبي، بلاتيني، ماسي 2005. 
20- أربع دورات تأهيلية شاملة (منقذ سباحة، معلم سباحة، حكم سباحة) في كل من: المنطقة الوسطى، والشمالية، والجنوبية، وقطاع غزة. وذلك خلال شهري سبتمبر، وأكتوبر 2005.
21- المشاركة في بطولة الناشئين السابعة والعشرين لسباحة المسافات القصيرة في ألمانيا، في النصف الأول من شهر مارس 2005.
22- المشاركة في دورة التضامن الإسلامية في السعودية، في الفترة الواقعة ما بين 7-20/4/2004م. 
23- المشاركة في البطولة العربية لسباحة الزعانف، في شهر أبريل2005، في مدينة العقبة الأردنية. 
24- المشاركة في بطولة آسيا للناشئين في الإمارات، في منتصف 2005.
25- المشاركة في بطولة العالم للسباحة في مونتريال/ كندا في الفترة الواقعة ما بين17-30/7/2004م. 
26- بطولة كأس العالم لسباحة الزعانف في العاصمة المصرية القاهرة 2006.
27- تنظيم بطولة يوم الأرض السنوية الأولى للسباحة في جمعية الشبان المسيحية بمدينة القدس 17/3/2006م.
28- بطولة دي لاسال الأولى للسباحة شهر نيسان 2006. 
27- دوري كرة الماء في حمام السباحة التابع للمدينة الأولمبية بمدينة القدس 2006.
28- دورة الألعاب الآسيوية الخامسة عشرة (أسياد 2006)، في العاصمة القطرية الدوحة، في الفترة الواقعة ما بين 1 و 15/12/2006م. 
29- بطولة فلسطين العاشرة للسباحة 2007.
30- مشاركة الاتحاد في أولمبياد بكين 2008. 
31- بطولة المرأة الفلسطينية لسباحة الزعانف 2008، تحت رعاية جمعية نساء امليسون بمدينة القدس، في حمام السباحة التابع لمؤسسة دار الكلمة، و بمدينة بيت لحم. 
32- بطولة أريحا الشتوية للسباحه 2008.
33- بطولة العالم الثانية عشرة للسباحة في حمام 50م في المدينة الاسترالية ميلبيرون، في الفترة الواقعة ما بين 17/3/2007م ولغاية 1/4/2007م.
34- البطولة العربية الثامنة لسباحة الزعانف لفئة العمومي في مدينة الإسكندرية، في الفترة الواقعة ما بين 25 و 29 نيسان أبريل 2009.
35- بطولة فلسطين الأولى للمدارس تحت رعاية جمعية نساء أمليسون- القدس، وبالتعاون مع وزارة التربية والتعليم العالي الفلسطينية في مسبح مركز الشباب الرياضي بمدينة بيت ساحور، في  شهر نيسان 2009، للشباب والإناث.