ولد إيليا خوري في بلدة الزبابدة، جنوب شرق مدينة جنين عام 1921. التحق بمدرسة شنلر الألمانية في القدس سنة 1933، وتخرج منها سنة 1941، يحمل دبلوم دار المعلمين، عمل بمدرسة الفرندز في مدينة رام الله أستاذاً للغة العربية والاجتماعيات، ثم انتقل إلى الكلية الأهلية برام الله سنة 1945 أستاذاً للعربية والاجتماعيات، ثم أصبح سنة 1947 مساعداً لمدير شنلر بالقدس. في عام 1969 قامت سلطات الاحتلال بإبعاده بعد أن تعرض للسجن والاعتقال.
شغل منصب المطران المساعد في مطرانية القدس والشرق الأوسط؛ ومطران الكنيسة الإنجيلية الأسقفية العربية في الأردن. كما كان عضوًا في المجلس المركزي وفي اللجنة التنفيذية لمنظمة التحرير؛ شغل منصب نائب رئيس المجلس الوطني؛ وتوفي في 5 كانون الثاني 2004.
بتاريخ 3/6/2014 منح الرئيس محمود عباس، المرحوم إيليا خوري وسام نجمة القدس؛ وذلك تقديرًا لدوره الوطني والنضالي المشرف في الدفاع عن فلسطين، وتثمينًا لمكانته الدينية والروحية ومواقفه وإسهاماته في مسيرة الثورة الفلسطينية.