ولد البرفسور سالم حنا خميس في قرية الرينة، شمالي شرق مدينة الناصرة، بتاريخ  22 تشرين الثاني 1919.   تعلم الابتدائية في مدرستي الرينة للبنين وصفد للبنين؛ ثم انتقل إلى مدرسة الناصرة الحكومية؛ حيث تعلم حتى السنة الثانية من دراسته الثانوية؛ ثم التحق بالكلية الاسكتلندية في صفد بين عامي 1936 و1937، حيث كانت الدراسة متقطعة بسبب إضراب 1936 الكبير؛ بعدها انتخبته مدرسة الناصرة الحكومية للإلتحاق بالكلية العربية في القدس؛ حيث أكمل دراسته الثانوية، وحصل على شهادة التخرج بامتياز عام 1938.



حصل على منحة دراسية في الجامعة الأمريكية في بيروت حيث نال شهادة البكالوريا في الرياضيات والفيزياء عام 1941، وشهادة الماجستير في الفيزياء الفلكية عام 1942.



عاد الى فلسطين حيث عمل بين عامي 1942-1943 مفتشًا من قبل وزارة التعليم الحكومية لتحضير طلاب ثانوية مار لوقا في حيفا، لاجتياز الامتحانات الثانوية الحكومية، ثم انتقل ليحاضر في كلية الرياضيات في الجامعة الأمريكية في بيروت حتى عام 1945.   حصل بعدها على منحة للدكتوراة في جامعة لندن في بريطانيا.



في عام 1948، إزاء قلقه على مصير عائلته؛ وافقت الجامعة على امتحانه شفهياَ للدكتوراة التي منحته إياها لاحقاَ عام 1950.   سافر إلى البلاد مباشرة بعد دفاعه عن أطروحته للدكتوراة للانضمام إلى عائلته؛ إلا أن الأمن الإسرائيلي أعاده، حال وصوله، إلى مطار اللد على متن أول طائرة إلى قبرص؛ باعتباره من لاجئي 1948 الذين حرموا من العودة.   ومن قبرص انتقل إلى جامعة سوريا في حلب ليعلم الرياضيات التطبيقية في كلية الهندسة، وليترأس كلية الرياضيات حتى عام 1949.   وفي ذات السنة عرضت عليه هيئة الأمم المتحدة أن يعمل كإحصائي في دائرة الإحصاء في مكتب الأمم المتحدة في نيويورك؛ وعمل هناك حتى عام 1953؛ إضافة إلى أنه عمل في هذه الفترة كمحاضر ضيف في جامعة كولومبيا في كلية الإحصاء الرياضي.   وكانت أول زيارة له إلى البلاد بعد نكبة 1948 قد تمت بوساطة الأمم المتحدة التي منحته حصانة مكنته من دخول البلاد لزيارة عائلية عام 1952.



سنة 1953 استقال من عمله في الأمم المتحدة وعاد إلى بيروت، حيث عمل في معهد الأبحاث الاقتصادية في الجامعة الأمريكية حتى عام 1955 عندما عين محاضراَ ورئيساَ لكلية الرياضيات في الجامعة.



وبين الأعوام 1955 و1958 حاز على رتبة بروفسور ورأس دائرة الرياضيات في الجامعة،  وفي عام 1958 رأس دائرة الإحصاء الاقليمي لمنظمة الأغذية والزراعة الدولية (الفاو) التابعة لهيئة الأمم المتحدة، وتنقل في عمله هذا بين مكتب القاهرة ومكتب روما (1958-1960)،  وما بين 1961-1970 تقلد منصب رئيس قسم التجارة والأسعار في منظمة الفاو في روما.



بين 1970-1972 بعث من قبل الفاو وهيئة الامم المتحدة الى أوغندا بصفة مدير عام مؤسسة الإحصاء والاقتصاد التطبيقي في جامعة Makerere لتأسيس وتطوير عمل المؤسسة وبرنامجها لتدريب، تعليم ودراسة احتياجات الدول الإفريقية التي تتكلم اللغة الانكليزية.



وبالتوازي مع هذا المنصب، من 1976 حتى 1978، عمل مديرًا ومستشارًا رئيسيًّا من قبل هيئة الأمم المتحدة لمشروع تأسيس المعهد العربي للتدريب والأبحاث الإحصائيّة في بغداد.



 تقاعد من منصبه الأخير عام 1981، وانتقل ليعيش في بريطانيا.  لكنه استمر في تقديم العمل الاستشاري في عدة أماكن، منها الصندوق العربي للتنمية الإقتصادية والاجتماعية في الكويت التابع لجامعة الدول العربية، ومقيّمًا ومطوّرًا للفعاليات الإحصائية في منظمة التحرير الفلسطينية، ومستشارًا لجامعة النجاح في نابلس (1986)، الضفة الغربية في مراجعة إحصائيات تصدير المنتجات الزراعية إلى الأردن، ومستشارًا للإحصاء لسريلانكا، وليبيا، والسودان.   كما كان خبيرًا ورئيسًا لعدة بعثات علميّة من قبل الأمم المتحدة.



توفي 16/6/2005 في منزله بهيمل هيمبستيد بلندن، تاركاً خلفه اسهاماته العلمية التالية:



عشرات الابحاث العلمية في الإحصاء والرياضيات،  وله إسهاماته العلمية في العينات النظرية وجدولة دوال غاما غير المتكاملة حيث اصدر عام 1966 كتابا بعنوان:(Tables of the Incomplete Gamma Function Ratio).



له أعماله في مجال نظرية الأرقام المؤشرة (بالإنجليزية: Index Number Theory‏) وتطبيقاتها، وتطويره لما يعرف "منهج جيري-خميس" (بالإنجليزية: Geary-Khamis Method‏) لحساب "تعادل القوة الشرائية للعملات"، purchase power parity (PPP) of currencies، قد تركت بصماتها على كافة الأعمال الحديثة في المقارنة الدولية للأسعار، للدخل الحقيقي، للنتاج القومي وللإنتاجية بواسطة عملة واحدة مشتركة.  كان الإحصائي الإرلندي (بالإنجليزية: R.C.  Geary‏) أول من اقترح المنهج عام 1952.  وفي عام 1972 قام البروفسور خميس بتطوير المنهج وجعله قيد التطبيق، وذلك في سلسلة من الأوراق العلمية نشرت في مجلة الجمعية الإحصائية الملكية (بالإنجليزية: Royal Statistical Society‏).



 ويستخدم منهج جيري-خميس بشكل كثيف منذ عقود ثلاثة في حساب اللا-مساواة العالمية، ومستويات المعيشة، وفي تقدير دليل النمو البشري؛ كما تستخدمه مؤسسات دولية مهمة مثل: البنك الدولي، ومنظمة الفاو، ومنظمة التعاون والتنمية الاقتصادية (OECD). 



وعلاوة على إسهاماته العلمية في خدمة البشرية، عرف عنه مناصرته الشديدة لكل قضايا المضطهدين في العالم، ودعمه المستمر لمخيمات اللاجئين الفلسطينيين وللقضية الفلسطينية.